Το πρόβλημα της εξαφάνισης ορισμένων ζώων δεν είναι η τελευταία θέση στη θεωρία της εξέλιξης και έχει ύψιστη σημασία στη διδασκαλία του Δαρβίνου. Ο αριθμός των ειδών που ζουν επί του παρόντος καταλαμβάνει μόνο ένα ασήμαντο μέρος του συνολικού αριθμού των ζώων που έχουν εμφανιστεί ποτέ στον πλανήτη (λιγότερο από 1%). Το 99% των κατηγοριών τελικά έχουν εξαφανιστεί και υπάρχουν πολλοί λόγοι για αυτό.
Τα πιο ευαίσθητα στην εξαφάνιση είναι ζώα που βρίσκονται σε ένα ή περισσότερα μέρη σε γεωγραφικά περιορισμένες περιοχές. Εάν ολόκληρη η περιοχή έχει υποστεί ανθρώπινη δραστηριότητα, τότε τα είδη που ζουν σε αυτό μπορεί να εξαφανιστούν. Ο άμεσος λόγος εξαφάνισης ορισμένων τύπων ζώων σε φυσικές συνθήκες είναι η μείωση του αριθμού τους κάτω από το κρίσιμο επίπεδο, που καθορίζεται από τους νόμους της γενετικής του πληθυσμού. Κρίσιμο είναι το επίπεδο αφθονίας, κάτω από το οποίο η δυνατότητα στενής συσχέτισης γίνεται μεγάλη, γεγονός που οδηγεί σε μείωση της γενετικής ποικιλίας των ειδών. Ως αποτέλεσμα, υπάρχει ένα ποσοστό απογόνων με συγγενείς διαταραχές που αυξάνουν τη θνησιμότητα σε νέες γενιές. Είδη που έχουν σχηματιστεί ως αποτέλεσμα ενός ή περισσότερων πληθυσμών υπόκεινται επίσης σε ταχεία εξαφάνιση. Οποιαδήποτε κατηγορία μπορεί να εξαφανιστεί ως αποτέλεσμα πυρκαγιών, σεισμών, ασθενειών και ανθρώπινης δραστηριότητας. Οι κατηγορίες με διαφορετικούς πληθυσμούς είναι λιγότερο επιρρεπείς σε εξαφάνιση. Σε σύγκριση με τους μικρούς, τα μεγάλα ζώα έχουν τεράστιες μεμονωμένες περιοχές. Χρειάζονται πολλά τρόφιμα και συχνά γίνονται θύματα για τον άνθρωπο. Τα μεγάλα ζώα είναι πιο ευαίσθητα στην εξόντωση, όχι μόνο επειδή είναι θήραμα, αλλά και επειδή ανταγωνίζονται τους ανθρώπους στο κυνήγι του παιχνιδιού, μερικές φορές επιτίθενται σε ανθρώπους και ζώα. Υπάρχουν πληθυσμοί ζώων που τρέφονται με μεγάλες περιοχές. Είναι επίσης επιρρεπείς σε εξαφάνιση, υπό την προϋπόθεση ότι καταστρέφεται μέρος του εύρους τους. Με τη φυσική ανάπτυξη της φύσης, οι περιβαλλοντικές αλλαγές αναγκάζουν ορισμένες κατηγορίες να προσαρμοστούν σε νέες συνθήκες. Τα ζώα που είναι ανίκανα να προσαρμοστούν αναγκάζονται να μεταναστεύσουν σε κατάλληλους οικοτόπους. Διαφορετικά, τα είδη τους απειλούνται με εξαφάνιση. Ο γρήγορος ρυθμός ανάπτυξης των φυσικών πόρων ξεπερνά την προσαρμογή, αφήνοντας τη μετανάστευση ως τη μόνη επιλογή. Κατηγορίες ζώων που δεν μπορούν να διασχίσουν χωράφια, δρόμους και άλλους ενοχλημένους οικότοπους είναι καταδικασμένοι σε εξαφάνιση. Ο βοηθητισμός ήταν ανέκαθεν προϋπόθεση για την εξαφάνιση πολύτιμων ειδών ζώων. Η υπερεκμετάλλευση μπορεί να μειώσει δραστικά το μέγεθος του πληθυσμού. Εάν το κυνήγι δεν ρυθμίζεται από το νόμο, τότε ορισμένοι τύποι ζώων μπορεί να βρίσκονται στα πρόθυρα εξαφάνισης.
